В 1883 году консистория дала свое разрешение на устраивание еще одной церкви вблизи реки Лыбидь – на Шулявке, Св. Марии Магдалины.

В 1887 г. близ Киевского политехнического института им. Александра II, была воздвигнута (по проекту арх. В. Николаева и инж. В. Катеринича) церковь святой равноапостольной Марии Магдалины, в честь императрицы Марии Александровны.

Храм был построен за счет пожертвований жителей Шулявки, а также при помощи города и меценатов.

Церковь духовно наполнял КПИ. В ней молились Дмитрий Менделеев - всемирно известный химик, первый глава госкомиссии КПИ, Владимир Кирпичев - первый ректор КПИ, профессор Константин Зворыкин, князь Кудашев - профессор кафедры сопротивления материалов, наставник будущих авиаконструкторов, П.Нестеров - выдающийся пилот, и множество киевских студентов.

Церковь построена в так называемом “русско-византийском” стиле. Объемно пространственное решение храма – главный купол с приземистым завершением, четыре краеугольных башенки – тождественное к Благовещенской церкви, но колокольня храма на Шулявке акцентировалась высоким шатром. Строительством церкви св. Марии Магдалины руководил опытный военный инженер, полковник Вадим Катеринич. Чтобы помочь святому делу, он отказался от платы за свой труд.

Храм Марии Магдалины был разрушен в 1934 г. Студенты политехнического, медицинского и авиационного институтов разобрали глыбы и очистили кирпич, а 238 строителей под партийным контролем за 83 дня построили 4-этажную среднюю школу (теперь школа № 142).

В 1948 году на южном церковном неперезахороненном кладбище военнопленные немцы построили здание Жовтневого РК Компартии Украины (Политехнический переулок, 4). Сейчас там находится таможенная служба Украины. Часть исторической усадьбы заняло управление Киевского метрополитена.

До 1950 года богослужения проходили в уцелевшем доме священников, после чего церковь была закрыта. Сейчас в этом помещении склад школьного хлама.